导致的死亡大多数都发生在非洲，沙哈拉沙漠以南，同时疟疾也是这些地区的社会和经济发展的主要障碍。非洲用于防治疟疾的国内生产总值的损失已超过120亿美圆/年。

    全球每年至少有3亿人的急性疟疾发作， 导致200多万人死亡。70%的死亡发生在非洲，而且大部分是幼龄儿童。疟疾是引起非洲20%以下死亡率的主要病因，并占了整个非洲大陆疾病总数的10%。高疟地区用于疟疾的支出占了整个公共卫生费用的40%, 住院病人的30-50%,门诊病人量的50%。

    今天在非洲，疟疾是贫穷的标志和源泉。高疟区的年经济增长一向都低于非疟区。经济学家指出，疟疾是对某些非洲国家1.3%的年增长率的惩罚。经年积累后，它导致疟发区与非疟区GDP实质性的 差异，严重阻碍了整个地区的经济增长。疟疾对非洲人口资源来说也有直接影响。夺去的不仅是病人的生命，也是生产劳动力的丧失。疟疾使得孩子不能上学，工人不能工作，从而阻碍了社会的发展。

    非洲现在面临的最大挑战是疟原虫产生了抗药性。氯喹，这种从前使用最广泛和最便宜的抗疟药，在非洲产生了广泛的抗药性。（特别在非洲大陆南部和东部）。被认为是首先可以替代氯喹而且也花费少的药物磺胺嘧啶，其抗药性正在东非和南非增加。作为这个趋势的结果，许多国家现在不得不改变他们的防治疟疾的政策，变为使用更贵的含有青蒿素类复方药物，以期减少抗药性。

    1998年成立的“全球遏制疟疾行动计划”（RBM），推动了非洲各国领导人通过更频繁的政治交往来抗击疟疾。一年多后非洲各国领导人和代表在尼日利亚阿布加会面，会上诠释了RBM'的目标：2010年之前将控制疟疾转化为切实的政治工作。2000年签署的阿布加宣言，签署了一份意在解决非洲的疟疾问题具体的策略。该宣言签署了RBM计划，并建立了一系列临时目标，规定有权享受治疗、保护措施或接受临时预防性治疗措施者或者孕妇的数量，以保证疟疾流行国家和其他RBM伙伴国朝着目标负起责任来。

    阿布加宣言使抗疟运动迈进了一大步。近20个非洲国家已消除或减低了对经过杀虫剂处理过的蚊帐（ITNs）的关税，以减低人民负担。代表世界疟疾人口半数的非洲疟疾流行国家中的一半以上，已经建立了国家政策计划 ((CSPs) 以实现RBM计划和阿布加宣言的目标. CSPs 全部以RBM计划四个方面为基础，并联合有效治疗疟疾、控制带虫者和推广ITNs的快速通道，和孕妇疟疾的预防和管理与疟疾流行和紧急情况的应对机制。

    国家现在通过地区之间的合作伙伴关系，加强CSPs的执行能力，通过正在进行的卫生机构改革和联合，例如儿童疾病联合管理中心（IMCI）和保护孕妇安全协会（MPS ）来更好地履行控制疟疾的关键环节。CSPs 已经成功吸引新的资金以控制疟疾。但是，计划捐赠的资金要到2010年到位，当地只有20%的必需资金可以利用。获得援助的非洲国家，必须动员起来以解决剩余的资金问题。国家正努力通过各种途径，保证实施RBM计划有足够的财政来源，包括传统方式如发行债券，从国家财政部拨款和捐助团体的捐助，同时通过债务免除计划和重组的全球抗爱滋，肿瘤和疟疾基金等以开拓新的途径。